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yMol et un outil complexe conçu pour les professionnels scientifiques qui voudraient connaitre la structure moléculaire des différentes substances.
L’application est très complète, open source, et non adapté aux amateurs.
Le programme permet une multitude d'activités, y compris: la fusion et la séparation des molécules, sélections arbitraires des molécules, un rendu d'images de haute qualité, etc....